האתגרים הגדולים ביותר הניצבים בפני נשיא מצרים, עבד אל-פתאח א-סיסי, הם הלחימה בטרור – בעיקר בסיני – והמערכה הרעיונית שבה פתח כנגד האסלאמיזם הקיצוני; המשך ואף האצה של הצמיחה הכלכלית; פיתוח משאבי האנרגיה של ארצו, בזיקה ליוזמות נוספות במזרח הים התיכון; קידום פרויקטים לאומיים גדולים, כולל העברת מוסדות השלטון מקהיר; פתרון הסכסוך עם אתיופיה בסוגיית הנילוס, וגיבוש מענה מדיני הולם למבקריו באירופה ובארה"ב.
בהתחשב בחלופות, שקשה להפריז בחומרתן, האינטרס של ישראל ושל בעלות בריתה באזור הוא להמשיך ולסייע לא-סיסי בייצוב המערכת המצרית. במקביל, רצוי בעקיפין או במסגרות אזוריות, ניתן לעיתים להשיא עצה דיסקרטית, ולעודד אותו למתן כמה מסממני הדיכוי של משטרו, המעידים אולי על מתחים בתוך הממסד הצבאי השולט.